seqops — correction et analyse de séquences

Séquence

Modifier la séquence

De à par

La modification porte sur la séquence corrigée et n’est écrite dans aucun fichier tant que vous n’enregistrez pas le .fas. Chaque changement est inscrit au journal.

Recherche d’amorces

Amorces

Température de fusion – °C

Longueur – nt

Amplicon – nt

% GC – %

Forme des amorces

Répétition d’une même base nt au plus

Suite de G nt au plus

G+C dans les 5 dernières bases au plus

Terminer en 3′ par un G ou un C

Auto-complémentarité, façon OligoCalc

Auto-appariement pb au plus

Épingle à cheveux pb au plus

Complémentarité en 3′ pb au plus

Sonde (qPCR)

Température de fusion – °C

Longueur – nt

Écart maximal à F ou R nt (0 = collée)

Forme de la sonde

Suite de G nt au plus

G+C dans les 5 dernières bases au plus

Auto-complémentarité, façon OligoCalc

Auto-appariement pb au plus

Épingle à cheveux pb au plus

Complémentarité en 3′ pb au plus

Toujours appliqué, sans réglage : jamais de G en première base, et plus de C que de G.

Réaction

Méthode de Tm

Amorce nM

Na⁺ (OligoCalc) mM

K⁺ / Tris / mM

Mg²⁺ / dNTP / mM

Spécificité

Mésappariements tolérés hors 3′, qui doit être parfait

N’afficher que les paires spécifiques

Vérifiée sur la séquence en cours.

seqops correction, analyse et amorces — hors ligne

Fichiers

Lecture

Séquence

Analyse de la séquence

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Analyses lancées